Tiga belas tahun sebelum cerita ini dimulai, seekor monster rubah ekor sembilan bernama Kyuubi menyerang Konoha, sebuah desa shinobi yang terletak di negara Api. Kekacauan terjadi di desa Konoha dan korban banyak berjatuhan....akhirnya ada seseorang yang berhasil menyegel Kyuubi itu ke tubuh Naruto, putranya sendiri,seseorang yang berhasil menyegel siluman rubah ekor itu dikenal sebagai Yondaime Hokage,Hokage ke 4 atau Namikaze Minato.

• Awal Cerita

Tiga belas tahun kemudian, tersebutlah seorang remaja bernama Naruto Uzumaki yang sering membuat onar di desa Konoha. Naruto melakukan hal itu karena menginginkan perhatian dari penduduk desa yang menjauhinya karena rubah di tubuhnya. Naruto kemudian di tipu oleh seorang pengkhianat untuk mencuri gulungan rahasia dari Hokage ke 3, Naruto yang polos melakukan hal tersebut dan berhasil mencuri serta mempelajari jurus seribu bayangan. Setelah tahu bahwa dia dimanfaatkan Naruto menolak memberikan gulungan tersebut. Naruto kemudian ditolong oleh guru Iruka yang merupakan guru favorit Naruto. Dialah orang yang pertama kali megakui keberadaan Naruto.

• Haku dan Zabuza

Naruto kemudian lulus menjadi genin, dan satu team dengan Sasuke dan Sakura. Team mereka disebut Team 7 yang diketuai oleh Kakashi. Saat menjalankan tes dengan Kakashi, Naruto, Sasuke dan Sakura nyaris tidak lulus, karena melihat kekompakan team antara Naruto dan Sasuke maka Kakashipun meluluskan mereka. Misi Naruto dan yang lain dimulai, yaitu mengawal seorang penduduk negeri Air. Naruto, Sakura, Sasuke dan Kakashi berhadapan dengan dua ninja kuat pelarian dari negeri kabut yaitu Haku dan Zabuza yang dikirim oleh seorang gangster kaya raya untuk menghentikan pembangunan jembatan oleh penduduk negeri air yang miskin. Pertarungan sengit terjadi, Haku hendak menyerang Naruto tetpi malah terkena Sasuke yang melindungi Naruto. Mengira Sasuke tewas Naruto marah serta chakra Kyuubi pun terlepas membuat Haku kewalahan. Kakashi yang hendak menghabisi Zabuza dengan jurus raikiri mengenai Haku yang melindungi Zabuza. Karena terharu atas pengorbanan Haku dan merasa dikhianati oleh pihak gangster yang malah mencoba membunuhnya, Zabuza pun mengamuk dan membunuh ketua gangster dengan kunai kecil di mulutnya. Akhir pertarungan Zabuza tewas disamping Haku. Penduduk negeri air pun menamai jembatan baru itu dengan nama jembatan Naruto sebagai tanda terima kasih dan penghargaan kepada Naruto yang telah membangkitkan semangat penduduk negeri air.

• Pembukaan Ujian Chunin

Hokage 3 memanggil para Jounin Konoha untk mendiskusikan mengenai ujian chunin antara Konoha dan Sunagakure. Para Jonin sepakat untuk mengadakan ujian dan mengirim ninja - ninja pilihan mereka. Saat pendaftaran ujian Naruto, Sasuke dan Sakura bertemu dengan banyak saingan baru yang kuat antara lain, Gaara, Kankurou, Temari, Rock Lee, Neji Hyuga dan lain - lain. Ujian awal dimulai dengan tes tertulis, berkat Naruto sebagian besar peserta dapat lulus. Ujian kedua berupa pencarian gulungan di hutan. Diluar dugaan, Naruto, Sasuke dan Sakura diserang oleh salah satu sannin legendaris Orochimaru yang menyamar menjadi peserta. Orochimaru menandai Sasuke sebagai calon pengikutnya. Naruto dan yang lainya berhasil lolos berkat Kabuto yang banyak memberi petunjuk pada Naruto, Sasuke dan Sakura. Sementara itu, Kiba, Hinata dan Shino menyaksikan kehebatan Gaara yang mengerikan, babak ketiga dimulai ! Babak ketiga dimulai, Kabuto tiba - tiba mengundurkan diri membuat Naruto keheranan. Pertarungan sengit dimulai antara Sakura versus Ino, Neji versus Hinata, Naruto versus Kiba, Garaa versus Rock Lee dan lain - lain. Pertarungan demi pertarungan berakhir dengan mengharukan, Naruto yang melihat kekejaman Neji saat melawan Hinata berjanji untuk mengalahkan Neji. Pertarungan Lee melawan Garaa adalah yang paling sengit dimana Lee terpaksa menggunakan serangan pamungkasnya ula renge, membuat Garaa terdesak dan nyaris gelap mata membunuh Lee apabila guru Guy tidak datang tepat waktu untuk menghentikannya. Sementara itu Kakashi memberikan pembatas segel yang diberikan Orochimaru pada Sasuke. Kakashi nyaris bertarung dengan Orochimaru yang tiba - tiba muncul. Disini juga terungkap bahwa Kabuto adalah mata - mata Orochimaru.
Hokage 3 memberikan masa istirahat dan latihan untuk para peserta selama 3 bulan sebelum babak ke-4 dimulai. Naruto pun dilatih oleh guru pribadi Konohamaru untuk latihan berjalan di atas air. Sedangkan Kakashi melatih Sasuke. Naruto yang menjalani latihan dengan guru barunya ini bertemu dengan seorang pertapa aneh yang mengaku bernama Jiraiya sang sannin katak. Jiraiya lalu membuka segel dari Orochimaru saat babak kedua. Naruto lalu memaksa Jiraiya untuk mengajarinya jurus baru karena menganggap Jiraiya telah menggangu latihannya. Jiraiya menganjarkan jurus pemanggilan. Semula Naruto hanya dapat memanggil seekor berudu merah kecil, setelah Jiraiya melemparkannya ke tebing, Naruto berhasil memanggil Gamabunta. Jiraiya tertarik pada sifat Naruto yang penuh tekad dan pantang menyerah menjinakkan Gamabunta.

• Bulan Sabit Merah

Sepulang latihan, karena kelelahan Naruto dibawa Gamabunta ke rumah sakit. Di rumah sakit, Naruto mendapat kunjungan dari Shikamaru. Mereka berdua lalu mendapati Garaa mencoba membunuh Lee yang sedang tidur. Saat guru Guy muncul Garaa ketakutan dan pergi. Garaa pergi memata - matai latihan Sasuke dan Kakashi, Ia ketahuan oleh Kakashi. Gaara memutuskan untuk pergi. Malamnya Ia membunuh shinobi negeri bunyi yang mencoba membunuhnya di bawah bulan sabit merah.

• Babak ke-4

Babak keempat dimulai. Naruto akhirnya bertarung melawan Neji yang kuat, dengan tekad dan kecerdikannya Naruto pun dapat mengalahkan Neji serta memenuhi sumpahnya pada Hinata yang kebetulan menyaksikan pertarungan itu. Shikamaru mengalahkan Temari dengan kecerdikannya, tetapi malah menyerah diakhir perttandingan padahal ia bisa menang. Kankorou mengundurkan diri membuat Shino kesal. Pertarungan Sasuke dan Garaa memakan waktu paling lama, karena Sasuke terlambat datang bersama Kakashi. Garaa di desak oleh Sasuke hingga terpaksa bersembunyi di dalam perisai pasir dan hendak mengeluarkan Ichibi. Sasuke melancarkan serangan Chidori membuat perisai pasir hancur dan Garaa terluka untuk yang pertama kalinya. Ichibi nyaris keluar, semua kacau saat terdengar ledakan di gerbang Konoha, Kazekage menyerang Hokage 3 dan para ninja negeri pasir dan bunyi bergerak menyerang, Konoha dalam bahaya ...

• Penghancuran Konoha

Garaa yang terluka dibawa lari oleh Kankorou dan Temari ke hutan, sementara Sasuke mengejar mereka. Para penonton tertidur karena terkena serangan ilusi dari Kabuto yang menyamar sebagai anggota ANBU. Hanya beberapa ninja yang tidak terpengaruh, antara lain Kakashi, Guy, Sakura dan Shino. Naruto yang terkena dibangunkan oleh Sakura, sementara Shikamaru pura - pura pingsan pun dibangunkan. Shikamaru, Sakura dan Naruto mengejar Sasuke dibantu oleh pakkun. Kazekage ternyata adalah Orochimaru yang menyamar, Hokage 3 pun memulai pertarungan sengitnya dengan Orochimaru yang memanggil Hokage 1 dan Hokage 2 dengan jurus terlarang untuk membunuh Hokage 3. Kankorou bertarung dengan Shino yang muncul tiba - tiba, keduanya draw. Sasuke mengalahkan Temari lalu mengejar Garaa. Sasuke nyaris terbunuh oleh Garaa. Untungnya, Naruto dan Sakura tiba. Shikamaru melawan para ninja bunyi tetapi kehabisan cakra. Dia ditolong oleh Asuma disaat kritis. Garaa menyerang Sakura, membuat Naruto yang semula ketakutan pada Garaa menjadi marah. Sasuke yang sudah lemah tidak dapat menolong Naruto. Garaa berubah menjadi Shukaku. Naruto hendak memanggil kamabunta, tetapi malah kamagichi yang keluar. Katak kecil putra kamabunta. Naruto berhasil memanggil kamabunta dengan cakra rubah ekor sembilannya. Pertarungan sengit terjadi, Naruto dan kamabunta menang melawan Garaa. Sementara di Konoha, Hokage 3 menggunakan jurus mematikan yang mengharuskan penggunanya mengorbankan nyawa untuk menghisap nyawa Orochimaru. Malangnya, Orochimaru lolos dan hanya roh kedua tangannya yang terhisap. Pertempuran berakhir dengan mundurnya musuh dan kematian Hokage 3.

• Kunjungan Tak Terduga

Seusai pemakaman Hokage 3, dua sosok menyaksikan Konoha yang sudah porak - poranda dari kejauhan. Mereka adalah anggota Akatsuki yang dapat diartikan sebagai fajar dan juga bisa menjadi artinya kiamat, tergantung penulisannya dengan kanji. Kakashi mendapatkan informasi mengenai organisasi akatsuki dari Jiraiya. Sasuke diundang oleh Kakashi untuk minum di sebuah kedai, dimana di kedai tersebut dua anggota akatsuki tadi sedang istirahat. Kurenai dan Asuma tiba, mereka mengikuti dua anggota akatsuki tadi. Kurenai dan Asuma kaget saat mengetahui bahwa salah satu dari mereka adalah Itachi Uchiha. Seorang clan Uchiha yang membantai seluruh anggota clannya serta merupakan kakak kandung Sasuke yang ingin Sasuke bunuh. Itachi ditemani oleh seorang pengkhianat dari negeri kabut, Kisame Hoshigaki. Juga senior dari Zabuza. Asuma dan Kurenai nyaris kalah hingga Kakashi tiba. Pertarungan Kakashi dan itachi dimenangkan Itachi. Kakashi terluka mental karena jurus ilusi Itachi. Guy tiba dan membuat Itachi serta Kisame kabur.

• Sasuke dan Itachi

Para penasehat Konoha menemui Jiraiya dan memintanya untuk menjadi Hokage ke-5. Jiraiya menolak dengan alasan masih ada satu sannin lagi yang lebih baik daripada dirinya dan Orochimaru dan ahli dalam bidang medis. jiraiya mengajak Naruto mencari sannin ketiga tersebut. Kakashi yang terluka akibat serangan Itachi dirawat di rumah sakit. Sasuke yang datang menjeguk tanpa sengaja mendengar percakapan para jonin mengenai Itachi yang datang ke Konoha mencari Naruto. sasuke dengan amarah mencari Itachi. Naruto bertemu dengan Itachi dan Kisame di hotel saat Jiraiya sedang pergi bersama gadis yang sudah dihipnotis oleh Itachi. Sasuke tiba tepat waktu, tetapi Itachi terlalu kuat untuk Sasuke. Itachi menghajar Sasuke hingga babak belur. Naruto yang mencoba menolong cakranya diserap pedang milik Kisame. Naruto nyaris ditebas, untungnya Jiraiya tiba tepat waktu. Itachi dan Kisame melarikan diri karena merasa tidak dapat menandingi Jiraiya. Guy tiba sesaat kemudian dan slah menendang Jiraiya. Sasuke yang terluka parah dibawa kembali ke Konoha oleh Guy